פרויקט השימור בבית שאן החל בשלהי שנת 1994, בעקבות החפירות הארכאולוגיות באתר ובסביבתו שנמשכו כעשור. את החפירות ערכו שתי משלחות: מהאוניברסיטה העברית, בראשותם של פרופ' יורם צפריר ופרופ' גדעון פרסטר, ומרשות העתיקות, בראשותם של ד"ר גבי מזור ורחל בר־נתן.

 

בחפירות נחשף שטח עצום, ובו ממצאים מרשימים, שעיקרם מרכזה של העיר הרומית סקיתופוליס. נתגלו מבני ציבור, דוגמת התיאטרון, בתי המרחץ המערבי והמזרחי, האגורה, רחובות העיר, הנימפיאון ומונומנטים אחרים. כמו כן, נמצאו פריטים ארכיטקטוניים רבים שרמת ההשתמרות שלהם משתנה. בשנים ההן, לא נעשה שימור מלווה חפירה כמקובל היום. לכן, עם חשיפת הממצאים, ובהיעדר פעולות שימור מידיות, חלה הידרדרות מואצת במצב ההשתמרות של חומרי הבנייה שאינם מאבן בזלת, ונגרם נזק, חלקו בלתי הפיך, למכלולים ולפריטים רבים. נוסף לכך, השתרשה צמחייה במכלולים הקדומים. השינוי המהיר בסביבת הממצאים —שהיו קבורים באדמה ונחשפו עתה לתנאי אקלים אחרים, לאור ולאוויר — הוביל ל'שוק חפירה'. באתר החל תהליך מואץ של בליה והתפרקות של אבן רכה, של פסיפסים, של שרידי טיח ופרסקו ושל חומרי מליטה מקוריים. תהליך זה ניכר בהתפוררות החומר ובאובדן היציבות של הפרטים שנשתמרו. מוקדים אחדים ברחבי האתר עמדו בפני סכנת התמוטטות.

 

העניין הרב בממצאי החפירה משך מבקרים רבים לאתר. נושא הבטיחות באתר תרם את חלקו להבנת הצורך הדחוף בהסרת סכנה, בביצוע פעולות שימור וייצוב, וכן בהסדרת האתר למבקרים. בשלהי שנת 1994 ובשנת 1995 התקיימו באתר שני מחזורים של קורס שימור. כ־40 איש מעובדי החפירות הוכשרו למשמרים. עם הכשרתם, החלו פעולות השימור באתר, ובהן ייצוב של מכלולים אדריכליים, ושימור מונע, שכלל הסדרת ניקוזים, איטום ראשי קירות, ייצוב שולי טיח ופסיפס, וכן שימור אמנותי של פריטים ארכיטקטוניים, פסיפסים ופרסקאות. זאת בהתאמה לתכניות הפיתוח.

 

תכנית השימור הכוללת של האתר ביקשה לתת מענה לכמה מכלולים: בית המרחץ המערבי, בית המרחץ המזרחי, רחוב פלאדיוס, הסיגמא, התיאטרון, האגורה והפורום. בעבודות השימור נערכו פעולות, כגון ייצוב חומרי בנייה מקוריים, תמיכת אלמנטים, שימור מרכיבים רגישים )טיח, פרסקו וכדומה(, ביצוע השלמות מבניות לחיזוק הנדסי ואינטגרציה מתבקשת, והסדרת מערכת הניקוז העירונית.

 

מנהלת פיתוח התיירות בבית שאן פעלה באתר כעשור, למן סוף שנות ה־80 למאה הכ'. את תכניות הפיתוח ערכו עבורה משרדי אדריכלים, שפעלו בשיתוף עם רשות העתיקות ובהנחייתה המקצועית בנושא השימור. עם סגירתה של המנהלת, עבר שרביט הניהול של פעולות השימור והפיתוח באתר לרשות הטבע והגנים. נכון לסוף שנת 2012, מעורבים בפרויקט השימור 14 עובדים מטעם רשות העתיקות ( 11עובדי שימור, מתעדת, מזכירה ומנהל(. כוח האדם מחולק לצוותים קבועים המתמחים במגוון היבטים מקצועיים: צוות שימור מבנים והנדסה, צוות שימור אמנותי )פסיפסים, שיש ופרסקאות( וצוות תחזוקת שימור. העבודות מתקדמות לפי תכניות שימור המתעדכנות מדי שנה.

 

פעולות השימור בגן הלאומי בית שאן מתבצעות בתיאום מלא עם רשות הטבע והגנים. צוות השימור עוסק בהשלמת טיפול שימורי מלא למוקדים שטרם טופלו. זאת במקביל לביצוע תחזוקת שימור למכלולים שטופלו בעבר.