מינהל שימור הוקם מתוקף תפקידה של רשות העתיקות לשמר את נכסי התרבות והמורשת הבנויה בישראל. רשות העתיקות פועלת לבסס את מעמדו של המינהל כגורם מקצועי מוביל, הפועל לגיבוש סטנדרטים מקצועיים, לקידום הפיקוח על תהליכי השימור, להכשרה מקצועית ולהטמעת החינוך לשימור המורשת.
 
מינהל השימור מקדם את שימור מורשת התרבות בישראל בראייה ממלכתית של מכלול ערכיה. מורשת זו היא פסיפס של התרבויות שהתקיימו באזור משחר התרבות האנושית ועד ימינו. היא משותפת לקהילות רבות, ולכן נדרשת רגישות גבוהה בטיפול בה.
 
במינהל השימור מגובשת מדיניות לטיפול בנכסי מורשת התרבות בישראל בהתבסס על חוק העתיקות, על אתיקה מקצועית ועל עקרונות השימור המקובלים בעולם. מדיניות זו תאפשר להנחות את הגורמים המעורבים בפעולות השימור בישראל – רשויות ציבוריות, מנהלי אתרים, חוקרים, מתעדים, מתכננים, משמרים ואנשי חינוך – ולהטמיע סטנדרטים מקצועיים ברמה גבוהה.
 
מינהל השימור מבטא את מחוייבותה של רשות העתיקות לייסוד גוף שיוביל את נושא השימור בישראל, כפועל יוצא מאחריותה של המדינה למורשת התרבות אשר בשטחה.