החוקרים מציעים לזהות את חורבת תנשמת הסמוכה למתחם הכנסייה, עם ביתו-מלגזיס המופיעה במפת מידבא. בסקר הבריטי משנת 1881 צוין האתר כ"חורבת עלי מלכינא". במהלך החפירות נמצא באתר מדליון עשוי שיש, בקוטר 67 ס"מ ובעובי 5.5 ס"מ, הנושא את דמותה של האלה טיכה (איור 4). החוקרים מעריכים, כי מדליון זה נעשה בשנים 582-3 לסה"נ. לממצא ייחודי זה לא נמצאה עד כה מקבילה באמנות התקופה הביזנטית.

 

הכנסייה מתוארכת למאה ה-6 לספירה. היא נבנתה אבני גזית גדולות ומוחלקות מאבן גיר רכה (נארי). אורכה 27 מ' ורוחבה 11.7 מ'. חלל הכנסייה ריבועי, ובו אולם תווך ושתי סיטרות. שתי שורות בנות 3 עמודים כל אחת מחלקות את החלל. רוחב אולם התווך הוא 4.75 מ', ורוחב כל סיטרה הוא 2.2 מ'. גג הכנסייה היה בנוי מסבך עץ ורעפי חרס. סמוך לכנסייה נמצאו מחצבה עתיקה וכבשן סיד קדום, אשר שימשו ככל הנראה לבניית המכלול. במהלך השנים נשדדו אבני הבנייה הטובות ונותרו שורות אבנים בודדות על פני הקרקע (איור 5).

 

ביוני 2002 כוסו פסיפסי הכנסייה כדי להגן עליהם עד להסדרת האתר, וב- 2003 נערך סקר שימור ראשוני של שרידי "כנסיית בקחוס הקדוש". הכיסוי נפגע במהלך השנים, בעיקר בשל עדרי הצאן הרועים במקום ובשל כך התפתחו תהליכי בליה של הפסיפסים (איור 6).

 

בשנת 2011 החל פרויקט לתכנון השימור והפיתוח של האתר ונערכה חפירה ארכאולוגית, אשר חשפה חלקים שכוסו בעבר. המטרה המרכזית של הפרויקט הייתה שילוב מבנה הכנסייה במכלול פעילויות הנופש והתיירות המוצעות בקרבתו. תהליך השימור בוצע עם קק"ל ובהשתתפות תלמידים משוהם ומהסביבה, כדי ליצור זיקה של הקהילה למורשת בסביבת היישוב (איור 7).