מטרת העבודה בגמלא היתה להגדיר את פעולות השימור הראשוניות הדרושות לייצוב השרידים באתרם, וכן להעריך את המשמעות התרבותית של האתר כבסיס לפרוגרמה ראשונית לשימור ומתוך שאיפה לגייס משאבים ותורמים לצורך המשך המחקר הארכיאולוגי, השלמת חשיפת האתר, שימורו ופיתוחו לקליטת קהל מבקרים.
בשנים 2000-1997 נחשף חלק גדול ממבנה ציבור מפואר, המכונה 'מבנה הבסיליקה', בחלק המערבי של היישוב בגמלא, הרחק מן החומה ובית הכנסת ובמעלהו של רובע אמידים ההולך ונחשף בחלק זה של המדרון (הרובע המערבי – רובע S). תשומת לבם של החוקרים והחופרים באתר הופנתה לפינה המערבית הגבוהה של רובע זה. שם, ברצועה שרוחבה כ-30 מ', נמצאו פריטים ארכיטקטוניים רבים שאיכותם גבוהה, כולל אבני גזית מסותתות למשעי, אבני זיז רבות ואבן משקוף מעוטרת בוורדה ובשני עצי דקל. הדמיון בין חריטת הוורדה על אבן משקוף זו לחריטה על שבר המשקוף שנמצא בבית הכנסת שבחלקו המזרחי של האתר, מרמז על כך שניצב כאן בית כנסת נוסף.
ערכו הבולט והחשוב של 'מבנה הבסיליקה' הוא בהיותו מבנה ציבור יהודי מסוג חדש למחקר ההיסטורי והארכיאולוגי. מיקומו בגמלא, לצד שרידי בית הכנסת מהקדומים שנחשפו בארץ, מעורר שאלות מחודשות לגבי משמעותו של מוסד בית כנסת, אופיו ותפקודו בימי הבית השני. חוקרי האתר, דני שיאון וצבי יבור, העומדים בראש משלחות החפירה באתר בעונות האחרונות, מציעים לזהות את 'מבנה הבסיליקה' עם וריאציה קדומה של בית הדין התלמודי, אשר עד היום היה מקובל לזהותו כאחד משימושיו של בית הכנסת. בהסתמך על ציטוטו של יוסף בן מתיתיהו בדבר מינוי שופטים בערי הגליל: "...על כן בחר לו שבעים אנשים חכמים מזקני העם ושם אותם למושלים בכל ארץ הגליל. בכל עיר ועיר שם לו שבעה שופטים, להביא אליהם כל דבר ריב קטן.." (מלח' ב: כ:ה), מבקשים שיאון ויבור להציע שלפנינו בית הדין העירוני של קהילת גמלא.
חורבן המבנה, כמו חורבנה של גמלא כולה, בשנת 67 לסה"נ. מאז חורבנו ועד לחשיפתו בשנים האחרונות לא נושב האתר, וכך יכולים חוקרים ומבקרים כאחד לחוות באופן ייחודי עיר יהודית בכלל, ואת המבנה הנדון בפרט, כפי ששרדו מימי הבית השני.
'מבנה הבסיליקה' משתרע על שטח של כ-240 מ"ר: רוחבו כ-15 מ' בציר מזרח-מערב ואורכו כ-17 מ' בציר צפון-דרום. המבנה מורכב משלושה אגפי אורך עיקריים, וקורה ככל הנראה בקורות עץ. הקירות (כ-1 מ' רוחב) בנויים מאבני בזלת גדולות ומסותתות שהונחו בשיטת ראש ופתין. ליבת הקירות מורכבת מאדמה מקומית, אבני שדה קטנות ופסולת סיתות. המישקים שבין אבני הבנייה מולאו בשברי אבנים (קלינים) רבים ומליטת אדמה בלבד. ראוי לציין כי השימוש באבני בנייה בגדלים דומים מוכר בגמלא רק במבנה בית הכנסת.
האגף המזרחי, כ- 5 מ' רוחבו, חולק לשני חדרים וטויח בטיח לבן דק אשר שרידים מועטים ממנו נותרו על הקירות. רצפתו עשויה עפר כבוש ומטויחת. מתחת למפולות האבן נתגלו אבני זיז רבים ושרידי שריפה עזה: אפר, שברי פחם ופיח.
האגף המרכזי חולק גם הוא לשניים באמצעות מדרגה אחת, המשמשת סף לבמה המרוצפת בטיח עבה. בקצות מדרגת הסף, במזרח ובמערב, זוג אומנות גזית משולבות בקירות המבנה, ועליהן שרידים מועטים של טיח לבן דק. על הבמה נתגלו שתי כותרות של האומנות שסיתותן דומה לסיתות בסיס האומנות. מרחב זה, הפונה ככל הנראה דרומה אל פתח הכניסה, קורה בקורות עץ בניצב ליתר הקירויים במבנה מצפון לדרום. אופן הקירוי והגבהת רצפתו מעידים על חשיבותו של מרחב זה. ייתכן וזה תפקד בדומה לאפסיס הבסיליקלי.
מדרום לבמה משתרע אולם מלבני מוארך (4.5 מ' רוחבו וכ-11 מ' אורכו) אשר תפקד ככל הנראה כאולם תווך. בחלקו הדרומי נתגלה זוג אומנות משולב בקירות האולם. שרידים של אבני ריצוף בין האומנות מצביעים אולי על קיומה של מדרגה נוספת.
האגף המערבי, הרחב מבין השלושה (כ-7 מ' רוחבו), נחפר באופן חלקי בלבד, אולם לעת עתה נראה כי הוא נחלק לשלושה חדרים.
'מבנה הבסיליקה', כמו מרבית המבנים בגמלא, נחרבו לאו דווקא מהכיבוש הרומי אלא ממפולות טבעיות של עפר וסלעים שהדרדרו במורד המדרון התלול, כעדותם של בולדרים שנמצאו בתוך מספר מבנים ברחבי היישוב. במהלך החפירה נחשפו שרידי המבנה כפי שנותרו לאחר הרס מתמשך שנגרם בשל גלישות קרקע ומפולות סלעים. הקירות התמירים, שנתגלו ללא תמיכת התקרה המקורית כשליבתם חשופה לחלחול מי נגר ולמפולות חוזרות ונשנות, היו חשופים לתהליכי בלייה והרס שלא היו מנת חלקו של המבנה השלם. סכנת גלישות הקרקע ומפולות הסלעים עודנה קיימת ומאיימת עליהם מחדש.
נעשה נסיון לייצב את הדופן הצפונית של האגף המזרחי, אם כי באופן חלקי בלבד.
הסכנה המהותית המאיימת על שלמות השרידים היא חוסר היציבות של הקיר הצפוני (559W) המתפקד כקיר התמך של המדרון. כדי להשיג רצועת בטחון לבלימת דרדרת האבנים יש להסיג את המדרון כ-1.5 מ' צפונה, וכן להסיט את מי הנגר למזרח ולמערב כדי למנוע את זרימתם על פני הקיר. על מנת לעצור את תהליכי הבלייה וההרס של הקירות עם חשיפתם, יש לתת טיפול שימורי ראשוני לראשי הקירות, לבסיסם, לפני הקירות ולליבתם.
מומלץ להשלים את חשיפת המבנה במלואו, לרבות האגף המערבי, כדי להבין את תוכנית המבנה ולמצוא רמזים נוספים לגבי ייעודו ותפקודו. כמו כן, מומלץ להרחיב מעט את שטח החפירה אל מחוץ לגבולות המבנה כדי לנסות ולאתר את דרכי הגישה אליו ואת ההקשר האורבני שלו.
ככלל, יש להמנע במהלך פעולות הייצוב והשימור הראשוני מהצבת עובדות בשטח אשר יקשו בעתיד על תכנון אדריכלי לשימור והמחשת המבנה ותפקודו.
המבנה מצוי הרחק ממוקדי העניין באתר העתיקות, ואין שביל מוסדר הקושר אותו אליהם. אופן קישורו למסלול המבקרים ייבחן מול ההקשרים האורבניים של היישוב, וזאת לאחר השלמת חשיפת השרידים בסביבת האתר. בתוך כך מומלץ לבחון את מיקום גבולתיו המערביים של היישוב והקשר של המבנה אליהם. ככלל, עד אשר לא יושלמו עבודות השימור והייצוב באתר אין להסדיר שביל מבקרים לאתר. אדרבה, יש למנוע ביקור קהל בשטח המבנה וסביבו מחשש לפגיעות מכניות עקב דרדור אבנים בשוגג.
המבנה, כמו שרידי היישוב כולו, מצויים בשמורת טבע ייחודית ונדירה, מיקום המעניק ערך מוסף לחווית הביקור באתר. בתוך כך יש לבחון בקפידה את השלכות עבודות החפירה והשימור בכל האמור לפינוי עפר, פסולת וחומרי בניין, באופן שלא יפגעו בערכי הטבע ותצפיות מהאתר ואליו.
